大家好,我是Chromium X,你看这细胞贼多,分群贼清楚!

10x Genomics自2016年进军单细胞领域以来,最开始以经典款仪器——Chromium Controller不断开发新应用,解锁单细胞多组学(www.zdbc.com.cn)。随后,为了解放科研人员的双手,减少人为误差,又推出了单细胞捕获自动化工作站—— Chromium Connect。然而,就在最近,为了满足科研工作者对更高通量单细胞捕获的需求,10x 推出了Chromium X,即百万单细胞捕获的神器,带您探索更多可能!

为什么要用百万单细胞捕获神器——Chromium X?

当10x Genomics的Chromium Controller问世以来,科学家就惊叹于它的高通量,一次上机,八个通道,最高通量可做到捕获8万个单细胞。如此高的通量和单细胞分辨率大大提速了科研工作者的研究,新的发现,新的成果层出不穷,高分文章发发发不停!

但是,通过对近几年单细胞文章捕获的细胞数量的统计,我们也会发现,现在文章中所涉及到的细胞数目也越来越多了,更多的单细胞数据,有助于我们拿到更好的实验结果。

并且,在我们面对一些特定的科学问题的时候,我们确实是需要百万级别的单细胞才能解开一个真相,比如说:

  1. 人类器官图谱构建。对于一个器官而言,其细胞的多样性绝不是几万甚至几十万个细胞就能彻底描绘的,我们需要做到百万级别的细胞数量,才能全面的描绘一个器官所有的细胞类型,这个时候,Chromium X无疑是我们更好的选择!CRISPR筛选。在CRISPR单细胞筛选的过程中,一般需要将一种gRNA导入到80-100个细胞中,然后看其对基因的扰动。如果我们有一个1万条gRNA的库,那么我们就需要捕获百万级别的单细胞来进行CRISPR筛选,这个时候,Chromium X将是我们研究的利器!T/B细胞克隆亚型分析。对于免疫研究的老师,大家都知道TCR/BCR的克隆亚型极其丰富,如果我们只测几万个细胞,是很难覆盖所有的克隆亚型的,这个时候,Chromium X将给您带来更大的帮助!

更重要的一点是,如果您使用Chromium X进行高通量单细胞捕获,还可以大大降低单个细胞的捕获成本。

Chromium X,捕获原理是什么?

Chromium X的单细胞捕获原理还是基于Next GEM的微流控捕获原理,细胞和反应试剂及Geal Beads被包裹在一个油滴里。每个油滴形成一个微反应体系,同细胞里的RNA被标记上相同的10x Barcoded。测序后,对单细胞数据进行拆分。不过,Chromium X有16个通道,每个通道最多可以捕获2万个单细胞。此外,现在10x Genomics的仪器还支持混样(CellPlex),一个通道最多可以混12个样本(混样的原理是在细胞上加脂质标签:https://pages.10xgenomics.com/rs/446-PBO-704/images/10x_LIT000106_Product_Sheet_Single_Cell_Gene_Expression_CellPlex_Letter.pdf),混样后,一个通道最多可以拿到4.6万个单个细胞,一次上机,最多可以拿到73万个单个细胞(该数字是去除双细胞拿到的最终单个细胞数量)。双细胞捕获率为0.4%/1000个细胞。上机一次运行的时间不超过18min。此外,X还加入了温控装置,确保拿到的数据质量更高。

Chromium X,可以做哪些应用?

高通量版本的Chromium X,不仅可以实现之前的Chromium Controller的单细胞3端转录组解决方案,同时还可以进行细胞表面蛋白的检测,CRISPR单细胞大规模筛选,靶向捕获,及混样(CellPlex);还可以实现基于5端RNA捕获的单细胞免疫组解决方案,检测单细胞全长配对的VDJ序列,细胞表面蛋白检测,抗原特异性检测,靶向捕获,CRISPR筛选(2022年推出),混样(2022年推出)。此外Chromium X还可以兼容Chromium Controller 的试剂和芯片。也就是说,您可以直接将八个通道的Chromium Controller芯片用于Chromium X上,并且这个时候,我们就可以在Chromium X上实现Chromium Controlle的所有应用,如单细胞ATAC,单细胞ATAC+mRNA等。

Chromium X 物理参数展示

  • 重量 :18.8 kg
  • 体积:宽 x 深 x 高=28.6 厘米x 48.3 厘米x 27.3 厘
  • 电气要求:100–240 VAC, 50/60 Hz, 250 W,90–264 V 工作范围(额定值的 +/- 10%),过压类别 II(标准插座)
  • 工作温度:18–28°C
  • 湿度:30–80% R.H. 非冷凝
  • 海拔高度:0-2286
  • 米电源线长度:2 m-包括特定国家/地区的适配器

Chromium X 数据展示

10x内部数据测试,在Chromium X上用Chromium Controller的芯片和试剂(可以叫做标准试剂芯片)进行单细胞转录组,免疫组,ATAC及ATAC+mRNA的实验,然后与Chromium Controller仪器上获得的数据进行对比,发现二者的相关性系数很高,说明Chromium X完全兼容Chromium Controller的芯片和试剂,所以大家不必有顾虑!

此外,10x还在Chromium X上做了使用高通量试剂芯片和标准试剂芯片的数据比较。实验中使用新鲜骨髓穿刺样本,获取单细胞悬液,用130个抗体进行孵育,然后过流式筛选孵育上抗体的细胞,然后分别进行Chromium X高通量单细胞捕获和Chromium X标准通量捕获,最终标准通量捕获到8269个细胞,高通量捕获到17581个细胞,然后进行单细胞转录组,VDJ,细胞表面蛋白的检测。

根据检测结果,我们发现,高通量捕获的细胞数量多,更能检测出一些稀有的细胞类型,以及低丰度的TCR克隆亚型。

更多Chromium X信息,

请回顾Chromium X中文网络会议视频。

点击链接https://10xgenomics.wistia.com/medias/dej1cx90lt?mkt_tok=NDQ2LVBCTy03MDQAAAF-gQTI7pasgESYLaIRPyDs4J4Jo_Ssjrt2EL588qlBq6v7gGMYxBkh535LYh7stTIQhca7JwOXFgrKr-0krqlrjpANmxrScYSkWmkmzyCkCvKK3g

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